日本建築師「石上純也(Junya Ishigami)」和「九典聯合建築師事務所」共同組成的團隊，獲得「金門港水頭客運中心」國際競圖設計第一名獲優先議約權，金門縣府工務處儘快完成議約後規劃設計再發包，設計提案不僅勇敢嘗試創新的理念，更結合金門的地方文化特色。
金門是台灣和大陸之間，貿易往來的重要窗口，現在的客運中心，因為運量過大，已經開始不敷使用。於是金門縣規畫另外興建「金門港水頭客運中心」，取代目前的 客運中心，讓兩岸三地的往來更為順暢。金門縣縣長李沃士表示金門港是金門很重要的地標，這個工程對於金門的貿易順暢很重要，希望能夠很快的實現。
金門「水頭客運中心」基地位在水頭港區緊鄰南碼頭岸肩後側，基地面積5.2公頃，主體空間有國內線入境、金廈泉小三通航線入出境、港務、商業、服務、設備機房、行政辦公等空間。客運中心總工程費新台幣18.74億元，以年通關旅客量達500萬人次為目標。
金 門水頭商港旅客服務中心大樓及金廈泉小三通專用碼頭2005年11月7日啟用，便利金廈泉小三通的兩岸民眾出入境，配合入出境旅客增加及水頭港擴建完成， 縣府推動「水頭客運中心」興建計畫，國際競圖有美、法、日、俄、澳洲、西班牙、台灣等95家業者競標，評審委員會2014年元月評審出5件概念可行的設計 團隊，4月25日決選，日本建築師石上純也勝出。
縣府工務處表示，「水頭客運中心」將成為與中國大陸往來門戶象徵，更會是金門最耀眼的港運中心。將與日本建築師團隊商議建造規劃設計、監造費用、合約條文後簽訂，完成規劃設計後發包施工。規劃設計時程、施工期程將在議約中談定。
金門縣長李沃士表示，這個工程對於金門來說，是歷年之最。同時，他也是一個金門的地標，同時他也是一個，金門的地標，同時我們也期許，他是台灣重要的河岸，所以這個工程，不論是對金門還是台灣都是一個，非常重要的工程。
「金門港水頭客運中心」的設計是用國際競圖的方式，在95個團隊的競爭之下，確定由日本設計師，石上純也和台灣的九典聯合建築所，獲得優勝。評審主席曾梓峰指出他們獲獎的原因最主要的是，他們的設計結合金門在地文化特色，也具有創新的理念。
金門水頭港已完成港池浚挖及陸域填築擴建，「金門港水頭客運中心」預計在2017年年底完工，2018年正式取代現行的客運中心，成為金門和大陸之間海上貿易的新據點。
